生物医学工程研究所拥有一级学科博士点、硕士点和工程硕士点。是中国生物医学工程学会理事、中国生物医学工程专业教学指导委员会委员和山东省超声医学工程学会副会长单位。

研究所近年来承担多项国家“十一五”863课题、国家基金课题，合作承担国家科技支撑课题，承担多项省部级课题。

研究所除培养生物医学工程学科博士生、硕士生和工程硕士外，还负责生物医学工程专业本科生、4+3本硕连读学生的培养方案制定、专业课教学工作。

研究所下属五个专业实验室：生物医学图像处理技术实验室、医学信息检测与传感技术实验室、大型医学设备解剖实验室，现代医学仪器实验室、检测与转换技术实验室。

山东大学齐鲁医院、山东省立医院、山东大学第二医院、山东省千佛山医院、济南市中心医院等20家单位为山东大学生物医学工程实践教学基地。